Использование открытых данных (WorldClim, GBIF) для расчетов в OpenModeller
OpenModeller это программное обеспечение, содержащее набор библиотек,
реализующих алгоритмы геоэкологического моделирования и интерфейс к ним
(http://openmodeller.sourceforge.net/,
http://gis-lab.info/qa/openmodeller-intro.html).
Исходными данными для вычислений являются наборы растровых изображений, отображающие отдельные климатические параметры на интервал времени и файл с информацией о распространении определенного биологического вида.
Данные о климате представлены в интернете в свободном доступе, например, на сайте WorldClim (http://www.worldclim.org/). Они разделены по типам (температура, осадки, высоты, наборы для алгоритма bioclim) и форматам (esri grid и файлы hdr/bil). Файлы bil OpenModeller открывает, но не может применить к ним пространственную привязку из файла hdr, поэтому их необходимо конвертировать в формат geotiff (например, используя QGIS, меню Слой-Добавить растровый слой, затем правой кнопкой по слою в легенде и выбрать Сохранить как).
Для расчетов используется набор bioclim. Слои, входящие в этот набор:
BIO1 = Среднегодовая температура
BIO2 = Средняя температура в суточном диапазоне (в среднем в месяц (max temp - min temp))
BIO3 = Изотермичность (BIO2/BIO7) (* 100)
BIO4 = Сезонная температура (стандартное отклонение *100)
BIO5 = Максимальная температура самого теплого месяца
BIO6 = Минимальная температура самого холодного месяца
BIO7 = Годовой диапазон температур (BIO5-BIO6)
BIO8 = Средняя температура самого влажного квартала
BIO9 = Средняя температура самого сухого квартала
BIO10 = Средняя температура самого теплого квартала
BIO11 = Средняя температура самого холодного квартала
BIO12 = Годовое количество осадков
BIO13 = Количество осадков в самый влажный месяц
BIO14 = Количество осадков в самый сухой месяц
BIO15 = Сезонные осадки (коэффициент изменчивости)
BIO16 = Количество осадков самого влажного квартала
BIO17 = Количество осадков самого сухого квартала
BIO18 = Количество осадков самого теплого квартала
BIO19 = Количество осадков самого холодного квартала
Информацию о распространении биологического вида можно получить в базе GBIF (http://www.gbif.org/), либо его аналоге - speciesLink (http://splink.cria.org.br/tools?criaLANG=en).
Результатом запроса к базе GBIF будет архив с файлами. Необходимые данные содержатся в файле occurence.txt, его нужно открыть в Excel или подобной программе и извлечь данные о названии вида и координатах, поля - scientificName, decimalLongitud, decimalLatitud.
Исходными данными для вычислений являются наборы растровых изображений, отображающие отдельные климатические параметры на интервал времени и файл с информацией о распространении определенного биологического вида.
Данные о климате представлены в интернете в свободном доступе, например, на сайте WorldClim (http://www.worldclim.org/). Они разделены по типам (температура, осадки, высоты, наборы для алгоритма bioclim) и форматам (esri grid и файлы hdr/bil). Файлы bil OpenModeller открывает, но не может применить к ним пространственную привязку из файла hdr, поэтому их необходимо конвертировать в формат geotiff (например, используя QGIS, меню Слой-Добавить растровый слой, затем правой кнопкой по слою в легенде и выбрать Сохранить как).
Для расчетов используется набор bioclim. Слои, входящие в этот набор:
BIO1 = Среднегодовая температура
BIO2 = Средняя температура в суточном диапазоне (в среднем в месяц (max temp - min temp))
BIO3 = Изотермичность (BIO2/BIO7) (* 100)
BIO4 = Сезонная температура (стандартное отклонение *100)
BIO5 = Максимальная температура самого теплого месяца
BIO6 = Минимальная температура самого холодного месяца
BIO7 = Годовой диапазон температур (BIO5-BIO6)
BIO8 = Средняя температура самого влажного квартала
BIO9 = Средняя температура самого сухого квартала
BIO10 = Средняя температура самого теплого квартала
BIO11 = Средняя температура самого холодного квартала
BIO12 = Годовое количество осадков
BIO13 = Количество осадков в самый влажный месяц
BIO14 = Количество осадков в самый сухой месяц
BIO15 = Сезонные осадки (коэффициент изменчивости)
BIO16 = Количество осадков самого влажного квартала
BIO17 = Количество осадков самого сухого квартала
BIO18 = Количество осадков самого теплого квартала
BIO19 = Количество осадков самого холодного квартала
Информацию о распространении биологического вида можно получить в базе GBIF (http://www.gbif.org/), либо его аналоге - speciesLink (http://splink.cria.org.br/tools?criaLANG=en).
Результатом запроса к базе GBIF будет архив с файлами. Необходимые данные содержатся в файле occurence.txt, его нужно открыть в Excel или подобной программе и извлечь данные о названии вида и координатах, поля - scientificName, decimalLongitud, decimalLatitud.
Итоговый текстовый файл должен иметь следующую структуру - номер, название вида, долгота, широта, распространенность. Разделитель - табуляция.
Пример:
#id label long lat abundance
1 furcata boliviana -68.85 -11.15 1
2 furcata boliviana -67.38 -14.32 1
3 furcata boliviana -67.55 -14.33 1
4 furcata boliviana -67.58 -14.50 1
Теперь можно переходить к моделированию в OpenModeller Desktop.
Из сконвертированных в формат tiff растров нужно создать набор данных Edit - LayerSets
После этого создается новый эксперимент - File - New Experiment. В открывшемся диалоге нужно указать созданный ранее текстовый файл с данными о расположении вида (либо скачать из онлайновой базы данных Data Preparation - Search for Locality Data) - Occurrence Data, алгоритм - Algorithm, набор данных для обучения - LayerSet, набор данных для прогнозирования - Projection Settings.
Указав эти данные, можно запустить расчет.
Пример:
#id label long lat abundance
1 furcata boliviana -68.85 -11.15 1
2 furcata boliviana -67.38 -14.32 1
3 furcata boliviana -67.55 -14.33 1
4 furcata boliviana -67.58 -14.50 1
Теперь можно переходить к моделированию в OpenModeller Desktop.
Из сконвертированных в формат tiff растров нужно создать набор данных Edit - LayerSets
После этого создается новый эксперимент - File - New Experiment. В открывшемся диалоге нужно указать созданный ранее текстовый файл с данными о расположении вида (либо скачать из онлайновой базы данных Data Preparation - Search for Locality Data) - Occurrence Data, алгоритм - Algorithm, набор данных для обучения - LayerSet, набор данных для прогнозирования - Projection Settings.
Комментарии
Отправить комментарий